La reconstruction de l'époque de la renaissance et du baroque a apporté à l'église des œuvres de grands artistes : reliefs d'O. Mosto au portail, peintures de H. von Aachen et V. V. Reiner, tombe du chancelier Vratislav de Mitrovice dessinée par Fischer von Erlach et décorée de statues de F. M. Brokoff.
Parmi les nombreuses légendes reliées à l'église, la plus célèbre est une légende au sujet d'un voleur dont la main pêcheuse fut coupée et accrochée sur une chaîne comme un rappel de ses actes sinistres.
L'église Saint-Jacques est actuellement le troisième plus grand temple de Prague. En 1974, le pape Paul VI lui a accordé le titre honorifique de Basilique mineure.
Un orgue magnifiquement sculpté en tribune est célèbre pour la richesse du son produit. C'est le plus grand et le plus fameux orgue de Prague.
L'origine du grand orgue de Saint-Jacques remonte au début du 18e siècle. Après un incendie majeur en 1689, un nouvel orgue a été construit par Abraham Stark de Loket, qui avait alors déjà construit plusieurs orgues pour diverses églises en Bohême. Le nouvel instrument à deux claviers a été achevé en 1705. Le buffet d'orgue, qui est encore admiré aujourd'hui, était également unique pour son époque.
En 1941, l'orgue a été agrandi et une disposition romantique a été ajoutée à la disposition baroque originelle. La dernière reconstruction, jusqu'à présent, a été achevée en 1982 par "Varhany Krnov" (Rieger-Kloss). Toutes les voix originales de Stark ont été conservées, ainsi que de nombreuses couleurs romantiques intéressantes. L'orgue se compose actuellement de quatre claviers et 8277 tuyaux.
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